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期刊论文

定向科研的医疗数据库建立

时间:2014/7/31 16:40:01  作者:his2000.com  来源:his2000.com  查看:3  评论:0
内容摘要:定向科研的医疗数据库建立王琼①李小华①刘晓辉①王彦①①广州军区广州总医院摘要随着医院信息化的发展,医院积累了大量的临床诊疗数据,这些数据面向医疗业务,却无法直接应用特定的科研工作,很难满足临床诊疗以外的需求。本文介绍了我院引入的具有随访管理功能的面向科研的医疗数据管理系统,该系统...
定向科研的医疗数据库建立  王琼①  李小华①  刘晓辉①  王彦①   ①广州军区广州总医院    摘  要  随着医院信息化的发展,医院积累了大量的临床诊疗数据,这些数据面向医疗业务,却无法直接应用特定的科研工作,很难满足临床诊疗以外的需求。本文介绍了我院引入的具有随访管理功能的面向科研的医疗数据管理系统,该系统为临床科室根据特定科研课题和数据需求,从医院现有信息系统中提取数据,并建立主题式的科研数据集提供方便。 关键词  数据仓库  医院信息系统  科研数据   1  前言  经过近30年的发展,我国医疗信息化,已经由最初的医院管理信息化阶段,全面进入临床信息化阶段,部分信息化发展比较快的三级甲等医院也已逐渐引入BI(Business Intelligence)系统,其涵盖医院日常业务,集成不同数据源,从不同角度有针对性的呈现数据。此类面向医院临床服务的决策系统,能为医院管理层提供决策支持,但其数据统计处理方式固定,还无法为不同项目,不同数据需要的科研工作提供数据集,在科学研究方面还无法为医务工作者提供帮助。随着临床科室对面向科研数据库需求的增加,我们引入了一套可以自定义数据整理模板的数据库管理系统,建立了面向主题的数据集。 2  系统介绍  2.1 软硬件环境及系统技术架构 系统运行的软硬件环境:服务器:CPU频率3.0GHZ,内存8GB,硬盘2TG,操作系统Windows 2003 server,数据库采用Oracle10g。客户机:CPU频率1.6GHz,硬盘80G,操作系统Windows XP。系统建立在以.Net Framework为基础的Microsoft Net平台上,编程语言使用C#,采用经典的三层架构,分为数据访问层(DAL)、业务逻辑层(BLL)和用户界面(UI)。DAL遵循工厂模式,使用ADO.NET(ActiveX Data Objects Net)提供的DbFactory类。BLL包含全部的业务逻辑(包括权限管理)。  2.2 系统主要功能 数据仓库系统的主要功能包含数据模板编辑管理,多媒体资料管理,数据导出元素定制,全院级用户管理,患者主要信息自动获取,患者门诊或住院病历、检验检查结果的查询及获取等。数据模板具有访问权限管理,可设定为仅限本科室或本课题的成员访问,可保证课题内容的安全性。  2.2.1 系统模板功能 系统允许用户针对某一课题建立规范化、可重复使用的数据整理模板,包括模板数据项的内容和格式。格式包括数字、文本、多选项、单选项、下拉列表等。每个模板的内容都包括基础项目、初始化项目和预设汇总分析项目三大类。模板基础项目即一条项目元素,可以是从医院HIS数据中提取的基础数据,例如某个研究对象的血小板数量;也可以是课题成员整理数据时填入的信息,例如KPS分级等。初始化项目是某些需要计算得到的项目依靠的比例参数,例如人体体表面积S=0.0061×H(身高)+0.0124×W(体重)- 0.0099,其中0.0061、0.0124、0.0099为初始化项目。预设汇总分析项目是根据模板数据预先定义好的汇总分析项目,包括差值计算、均值计算等,例如肿瘤患者的生存期计算。每个数据处理模板都由课题相关专家创建,由本课题数据整理管理员维护。数据处理模板分全院级、科
室级和课题级。全院模板可全院共享使用,科室模板仅在某一特定科室内使用,课题级则只允许课题组内成员访问,可保证科研数据的安全性。数据处理模板可定义从HIS数据库中提取研究对象的检验检查结果,用药记录等。  2.2.2 数据导出自定义功能 数据的整理和收集依靠模板定义,模板中包括若干个数据项,每个数据项在数据导出时,都体现为excel表格的一个单元格。当需要研究分析的数据,只需要模板数据项的一部分时,可使用数据导出自定义功能,将所需的数据项选中,系统会根据设定导出所需数据。数据使用者,可根据研究关注点的不同,从同一数据源中导出包含不同项目组合的数据表格。这些数据可直接应用SPSS,SAS,R软件进行分析处理。 2.2.3 研究对象多媒体资料整理功能 系统具有以研究对象为中心的多媒体资料管理功能。当一个研究个体的研究内容,包括DICOM图像的影像学信息等其他格式文件存储的数据时,该系统能够以研究个体为中心,整理其对应的多媒体资料。可根据研究个体的主索引号或名称,检索出其对应的所有课题相关资料。  2.2.4 医院信息系统接口 该系统与医院现有的主要信息系统做了接口,可直接从HIS系统中调取包括患者姓名、性别、年龄、住院号、长期与临时医嘱等患者基本信息;可以从EMR、LIS、PACS、心电、麻醉系统中按患者住院号调取患者的检验与检查的结果,方便研究者在分析整理数据时直接调取患者的诊疗信息。 3  应用案例  3.1 肿瘤相关科研课题数据整理 如图3-1所示,为一肿瘤放疗相关研究课题的数据整理模板的部分截图。该课题利用面向科研的数据仓库管理系统,将所需的研究客体在院诊疗信息、检验检查信息(包括影像DICOM图像)、治疗后随访信息通过数据整理模板统一管理。数据整理模板还将肿瘤CTCAE 3.0分级等各种相关标准编入,研究者可从数据整理界面比较便捷获得提示,准确快速完成一些打分、评级项目。
    图 3-1  3.2 全国肝移植注册系统的数据导出 按照卫生部要求,我国肝移植实施医疗机构,需在手术后72小时内向全国肝移植注册系统提交围手术期资料。根据《CLTR V3参数编码本》的显示,需要提交的数据包括患者受体及供体的基本资料,受/供体的术前影像学检查结果,受/供体的血液检验结果,手术数据等,其中多数已保存在医院HIS系统中。我们采用该系统作为前置数据处理软件,将相关数据从HIS中提取,图3-2所示为系统将HIS检验项目同模板项目对应,实现自动提取HIS数据的界面。模板抓取的数据是按照CLTR V3的要求组合的,可导出符合CLTR V3要求的数据格式,使用移动设备将符合格式的数据导入肝移植注册系统。该案例,实现了不需要再开发或引入程序,利用现有数据仓库系统解决标准格式数据导出的功能。 
  图3-2  4  总结  该定向科研的数据仓库管理系统具有比较强的灵活性,可以根据用户对数据内容、格式的要求来定义数据处理模板。灵活性使其可以比较好的应用于各科室,各种课题对数据的整理需求。但在某个课题数据整理初期,需要花费一定的时间编制数据处理模板。系统现在仅限于将数据按需求整理成可共SPSS等统计软件直接分析的数据,其内部的统计功能还只具有求均值差值等,在后续的改进中,我们将根据课题对数据分析的共性引入更多的统计分析方法。




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